La Yamaha FJR 1300 ne subit pas de grosse modification pour ce millésime 2009. Seul les embrayages ont été modifiés pour apporter plus de douceur. En plus de cela, 2 nouveaux coloris apparaissent.
Ainsi, l'embrayage de la FJR a été modifié : la charge appliquée sur le levier d'embrayage est réduite donc plus légère. Ceci permet d'améliorer le confort du pilote.
Concernant la version FJR 1300 AS semi-automatique, diverses modifications ont été apportées au système YCC-S (contrôle électronique de passage des rapports). La structure même, ainsi que la conception du mécanisme YCC-S restent identiques mais la cartographie de contrôle du système a été changée afin d'avoir des réactions et des sensations améliorées au rétrogradage.